在太逐一行人告别数码世界后,数码世界并没有就此封锁朝向人类的大门,而数码世界的外部却没有太平多少时日,就又末尾了纷争 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的战争。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生,没有太多精神和时间可以和数码宝贝们一同并肩作战,只要阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅(木内玲子 配音)、井之上京(夏树莉绪 配音)、火田伊织(夏树惠 配音)等人,和他们一同战役的除了亚古兽、加布兽等,还有新的数码宝贝参与。于是,在第一代数码人的率领下,新的数码宝贝和守护者们末尾了同罪恶权利的作战……